Η ιστορία της Ελληνικής σημαίας αρχίζει από τους χρόνους της αλώσεως μαζί με τους πόθους του υπόδουλου ελληνισμού για ελευθερία, διαμορφώνεται στα χρόνια της επαναστάσεως και φθάνει ως τις μέρες μας. Ένα από τα πρώτα δημοτικά μας τραγούδια, "Ο θρήνος της Κωνσταντινουπόλεως", που εκφράζει το λαϊκό αίσθημα, αναφέρεται στη σημαία- το σύμβολο του αγώνα για την αποτίναξη του ζυγού.
Σημάδι μέγα φλάμπουρο, Σταυρόν τον του Κυρίου,
και τότε να συγκλίνωσιν οι έσω με τους έξω· Να γίνει μούρτος, μοχθηρός, ως οι πολλοί το λέγουν.
Αρκεί λοιπόν να υψωθεί μία μόνη σημαία με το σταυρό και θα τρέξουν όλοι να ενωθούν με μια επαναστατική ορμή για την απόκτηση της ελευθερίας. [...]
Στις θλιβερές ώρες της υπάρξεως του ο ελληνισμός, οραματίζεται την ανάσταση του γένους και μέσα στην μαύρη δουλεία, η σκέψη των υποδούλων στρέφεται στον σταυρό και με αυτόν φαντάζεται ο ανώνυμος ποιητής την επαναστατική σημαία του έθνους.
Αυτό πιστεύουν οι έλληνες και ο ανώνυμος ποιητής, το εκφράζει ως οι πολλοί το λέγουν
Από την επομένη της αλώσεως δεν έλειψαν τα επαναστατικά κινήματα του έθνους.
Ασύνταχτα όμως και ασυντόνιστα, καταπνίγονταν στο αίμα οι εξεγέρσεις συνεχίστηκαν ως την μεγάλη επανάσταση του 1821. Σε όλες αυτές τις επαναστάσεις υψωνόταν και από μία σημαία εν πανίω αυτοσχέδια επινόηση του κάθε αρχηγού. Όλες όμως είχαν κοινά χαρακτηριστικά και κύριο γνώρισμα τον Σταυρό.
Το λαϊκό συναίσθημα συνέδεε το έθνος για την ελευθερία και την θρησκεία με τον Σταυρό. Συνδύαζε την βυζαντινή πορφύρα και τον δικέφαλο με τα φλάμπουρα και το σταυραετό των αρματωλών, αλλά και στις επαναστάσεις που υποκινήθηκαν απ’ έξω, κοντά στη σημαία του Αγίου Μάρκου ή τη λευκή Ρωσική ή την τρίχρωμη γαλλική ή την ερυθρόλευκη των ιπποτών της Ρόδου, οι επαναστατημένοι Έλληνες είχαν πάντα τις δικές τους σημαίες με τον σταυρό και αυτές ακολουθούσαν. Η πρώτη που παρουσιάστηκαν με σημαία στα χρόνια της δουλείας είναι οι Σπαχήδες της Ηπείρου. Τους χριστιανούς αυτούς στρατιώτες, οι ιππείς που είχαν συνθηκολογήσει κατά την κατάκτηση, είχαν παραχωρηθεί προνόμια από τους Τούρκους, με την απαράβατη όμως υποχρέωση να εκστρατεύουν όταν ο σουλτάνος τους καλούσε.
Οι Σπαχήδες συγκεντρωνόταν στα Γιάννινα με τις χριστιανικές τους σημαίες που έφεραν την εικόνα του Αγ. Γεωργίου και έφταναν ως την Πίνδο όπου στρατολογούσαν.
Όταν όμως υπερέβαιναν τα όρια της περιοχής δίπλωναν τις σημαίες τους και ακολουθούσαν τις Οθωμανικές. Στον πόλεμο της Περσίας όμως, σε μία κρίσιμη μάχη, κατά την πολιορκία της Βαγδάτης στις 24 Δεκεμβρίου 1639, οι Πέρσες νικούσαν τους τούρκους , τότε αιφνιδιαστικά οι Σπαχήδες άνοιξαν τις χριστιανικές τους σημαίες.
Όρμησαν ακάθεκτοι και κατατρόπωσαν τον εχθρό. Μετά τη μάχη παρουσιάστηκαν αγέρωχοι στη σκηνή του Σερασκέρι με τις σημαίες του Αγ. Γεωργίου για να πάρουν τα συγχαρίκια, εμπρός στο έκπληκτο Οθωμανικό στράτευμα. Μοιραίο ήταν το ένδοξο αυτό επεισόδιο να κινήσει τον φθόνο και το άσπονδο μίσος μαζί και τις υποψίες για την δύναμη του ελληνισμού.
Αποφασίστηκε λοιπόν επί Μουράτ του Δ’ να μην απομείνει έλληνας Σπαχής, παρά μόνο αν ασπαζόταν τον Ισλαμισμό. Με το διωγμό που ακολούθησε, άλλοι εξισλαμίστηκαν και έχασαν τις σημαίες τους, άλλοι εξοντώθηκαν και άλλοι κατέφυγαν στις Βενετσιάνικές κτήσεις και τα νησιά. Είναι οι μετέπειτα ονομαστοί Έλληνες στρατιώτες της Δύσης που διακρίθηκαν ως μισθοφόροι. Οι έφιπποι αυτοί με ακολούθους πεζούς και ελαφρούς καβαλαρέους, έφεραν δόρυ μακρύ, όπως το Βυζαντικό, με σιδερένια αιχμή ύψους μιας πιθαμής και μικρή σημαιούλα τριγωνική μονόχρωμη ή διχρωμη με σταυρό. Το βυζαντινό φλάμπουρο δηλαδή, σημαία με το σχήμα και το χρώμα της φλόγας.