Την παραίτησή του στον πρωθυπουργό υπέβαλλε ο υπουργός Ναυτιλίας, Μιλτιάδης Βαρβιτσιώτης, ενώ την θέση του στο Υπουργείο ανέλαβε ο Βουλευτής επικρατείας Χρήστος Στυλιανίδης.
Αναλυτικά ο κ. Βαρβιτσιώτης, έγραψε:
Η δολοφονία του Αντώνη Καργιώτη από μέλη του πληρώματος στο Blue Horizon μας έχει συγκλονίσει όλους. Κανείς δεν μπορεί να διανοηθεί ότι Έλληνες ναυτικοί παραβιάζοντας τους πανάρχαιους κανόνες για την προστασία της ανθρώπινης ζωής στη θάλασσα έσπρωξαν και εγκατέλειψαν έναν άτυχο νέο στα θολά νερά του λιμανιού του Πειραιά. Μίλησα με την οικογένεια του Αντώνη και τους μετέφερα την συμπαράστασή μας στον πόνο τους.
Τους υποσχέθηκα ότι ο Αντώνης δεν θα ξεχαστεί και ότι θα κάνω ό,τι είναι δυνατόν για να τιμήσω την μνήμη του αποδίδοντας δικαιοσύνη στο μέτρο που μου αναλογεί. Με την ολοκλήρωση της πρώτης φάσης της Ένορκης Διοικητικής Εξέτασης παρέπεμψα τα υπεύθυνα στελέχη του Λιμενικού Σώματος στο αρμόδιο πειθαρχικό συμβούλιο ολοκληρώνοντας τις από το νόμο αρμοδιότητες που έχω για τον καταλογισμό πειθαρχικών ευθυνών σε αυτούς που φταίνε.
Ελπίζω και η Ελληνική Δικαιοσύνη σύντομα να οδηγήσει τους πραγματικούς αυτουργούς στο εδώλιο, όπως τους αρμόζει. Τις τελευταίες μέρες όμως γίνομαι και στόχος μιας επίθεσης που αποκτά όλο και πιο πολύ τοξικά χαρακτηριστικά. Μια δήλωσή μου που εύκολα παρερμηνεύτηκε, προκάλεσε αγανάκτηση. Ζήτησα άμεσα ειλικρινή συγγνώμη. Σε καμία περίπτωση δεν εξίσωσα τον θύμα με τους θύτες. Σε καμία περίπτωση δεν ξέπλυνα τις ευθύνες που έχει η πλοιοκτήτρια εταιρεία, τις οποίες ακόμα αρνείται να αναλάβει. Στην πολιτική βρίσκομαι όλα αυτά τα χρόνια γιατί έχω μέσα μου βαθιά το αίσθημα της προσφοράς στην κοινωνία και την πατρίδα. Υπηρετώ τη δημόσια ζωή με αρχές και αξίες. Έχω μάθει να αναλαμβάνω τις ευθύνες μου και να μη κρύβομαι στα δύσκολα. Μπορεί για κάποιους να είμαι ένα καλός πολιτικός, για κάποιους άλλους όχι. Αλλά δεν δέχομαι να με πετροβολούν ως άνθρωπο. Η πολιτική μου διαδρομή και η προσωπική μου αξιοπρέπεια επιβάλλουν να μην παραμείνω στη θέση του Υπουργού Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής. Γι’ αυτό και υπέβαλα στον Πρωθυπουργό την παραίτησή μου. Τον ευχαριστώ για την εμπιστοσύνη του
